Sains Islam sering disalah-ertikan. Kerap Sains Islam terwajah pada nama-nama universiti Islam yang dibangunkan, tapi kandungannya kosong dari makna Sains Islam yang dimaksudkan dari kacamata pelopornya. Meskipun antara Seyyed Hossein Nasr dan Syed Muhammad Naquib al-Attas masing-masing ada perbezaan perspektif tentang Sains Islam, tapi keduanya sepakat bahawa memang terdapat kelemahan dalam perspektif Sains Barat.